现任领导
沈仁芳，所长，研究员，博士生导师，兼土壤与农业可持续发展国家重点实验室主任，农业部耕地保育重点实验室主任。中国科学院“百人计划”入选者，国家“跨世纪百千万人才工程”入选者，国家杰出青年基金获得者，973项目首席科学家。中国土壤学会理事长，中国植物营养与肥料学会常务理事，《Pedosphere》主编（SCI杂志），农业部耕地质量建设与管理专家指导组成员，全国土壤质量标准化技术委员会（SAC/TC404）委员，第七、八、九届低pH下植物-土壤相互作用系列国际会议（PSILpH）国际指导委员会委员，国际肥料发展中心虚拟肥料研究中心(IFDC-VFRC)顾问；中国致公党江苏省委副主委。1965年10月出生于浙江萧山,1986年毕业于浙江农业大学（现浙江大学）土壤农化系，获农学学士学位。分别在1989年和1993年于中国科学院南京土壤研究所获理学硕士和理学博士学位；1994-95年英国Rothamsted Research博士后工作一年，1998-2000年在日本农业环境技术研究所获STA支持工作2年，2000-2002年在日本香川大学获JSPS支持工作2年。
长期在国内外从事土壤肥力、植物生理等方面的研究工作，在土壤酸化过程、植物适应酸性土壤生理和分子机制、作物养分高效吸收利用机制等方面取得了一定的成绩。主编出版《铝在土壤-植物中的行为及植物的适应机制》，已发表学术论文100余篇，其中SCI论文40余篇。目前承担国家杰出青年基金项目和国家重点基础研究发展计划（973计划）项目等。
蔡立，党委书记兼副所长。1964年8月出生于江苏省南京市。1987年毕业于南京农业大学土壤农化系，同年进入中国科学院南京土壤研究所工作。
1987年－1991年从事科研工作。1992年起从事管理工作，历任科技处副处长、人事教育处副处长、办公室副主任、综合处处长、所长助理、党委副书记等职。1997年被聘为高级工程师，2000年荣获中国科学院管理人员突出贡献津贴。
蒋新，副所长，博士，研究员，博士生导师。1962年2月生于江苏南通。中国科学院“百人计划”入选者，国家杰出青年基金获得者，“百千万人才工程”国家级人选，江苏省“333人才工程”中青年科技领军人才，国家863计划资源环境领域主题专家。1982年毕业于南京农业大学化学师资班，获学士学位，留校任教；1987年获该校土壤化学专业硕士学位；1987-1994年在南京大学环境科学与工程系任教，曾任环境化学实验室主任；1994-1997年在德国Saarland大学环境研究中心攻读博士学位，获德国博士学位；1997-1999年在德国慕尼黑技术大学从事环境化学与生态化学研究工作；1999年中国科学院引进国外杰出人才回国工作。
长期从事土壤化学、环境化学与污染控制研究。近年来，主持完成二十余项国家、省部级和国际合作研究项目，在污染物的土壤环境行为与生态效应、产地环境与农产品质量安全及污染土壤修复等领域取得了一定的成绩，发表学术论文260余篇，其中在PNAS、Bioresource Technology、Chemosphere等国际学术刊物上发表SCI论文90余篇。目前主持的科研项目有：国家自然科学基金重点项目，国家重点基础研究发展计划（973项目）课题，农业部公益性行业科研专项课题等。
张甘霖，副所长，研究员，博士生导师，兼任土壤与农业可持续发展国家重点实验室常务副主任，土壤资源与遥感应用研究室主任。国家杰出青年基金获得者，入选中国科学院“百人计划”，江苏省“333人才工程”中青年科技领军人才，江苏省有突出贡献中青年专家，享受国务院政府特殊津贴，国家自然科学基金学科评审组专家。中国土壤学会常务理事，国际土壤科学联合会土壤发生委员会主席、城市土壤工作组副主席，全球数字土壤制图网络（GlobalSoilMap.net）东亚中心负责人，国际土壤分类组织（WRB）人为土分类协调人，FAO“政府间土壤专家小组”（ITPS）成员。
1966年出生于湖北通山。1987年毕业于华中农业大学土化系，获农学学士学位；1990年和1993年在中国科学院土壤研究所分别获得理学硕士和博士学位。1994-1995年在德国基尔大学土壤与植物营养研究所从事土壤空间变异和土壤地理信息系统研究，1998年和2000年在德国埃森大学生态研究所从事城市土壤研究。
长期从事土壤发生与地球化学、土壤系统分类、数字土壤制图等方面的研究。近年来主持了科技部基础性工作专项、国家自然科学基金重点项目等多个研究项目。已发表论文250余篇，其中SCI论文60多篇，出版专著多部。 获国家自然科学二等奖和省部级科技成果奖5项。